Equipements bioinformatique

EQUIPEMENT

Ordinateur de bureau 64bits fonctionnant sous Windows 7 professionnel et logiciels libres ou sous License académique (cf: équipement).
Linux virtualisation sous Oracle Virtual Box.

OUTILS DE RECHERCHE (Logiciels libres ou payants)

- Logiciel R et packages spécifiques associés (pamr, proc, limma, FactoMiner, Random Forest ....etc)

- Microarray : environnement Mev sous java 64bit

- Networking : Cytoscape

- Enrichissement fonctionnel : Go-Elite, DAVID NIH (online)

- Gene set enrichment analysis : GSEA avec MiSig Db 4.0 et custum gene set à la demande

- CGHarray : filtration expérimentale sous IVG

- Next generation sequencing : short reads pipeline analysis : alignement Hg19 BWA, FastQC qualité des fastq, Samtools variant calling, Annotation de VCF (exome sequencing) analyse de mutations (filtration + annotation): RefSeq ou Ensembl VCF prédiction, annotation polymorphisme dbSNP, prédiction de sites de régulation, prédiction de dommage protéique, prédiction d'association GWAS a un phénotype pathologique.
VEP : « variant effect prediction » dans une machine virtualisée ubuntu64bit avec MAF : prediction 1000genomes.

- Découverte de « gene master class » par prédiction de cis regulation module dans une signature transcriptionnelle.

- Intégration miRnome et transcriptome après enrichisssement sur les cartes d'annotations KEGG