Bioinformatique
SERVICE DE BIOINFORMATIQUE
Responsable scientifique et technique
Christophe DESTERKE, PhD, Ingénieur de recherche université PSUD11
Hôpital Paul Brousse Bâtiment Lavoisier 2e étage, salle 209,
14-16 avenue Paul Vaillant Couturier
94807 VILLEJUIF Cedex
Tel : 01.45.59.53.16
Email : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
Présentation
PRESENTATION
La recherche biologique intègre des quantités importantes d'information génomique, transcriptionnelle, et protéique. La plateforme bio-informatique a pour but d'interpréter les données biologiques issues de d'expériences à haut débit et de relier ces informations à la biologie ou bien à la pathologie concernée.
EQUIPEMENT
Ordinateur de bureau 64bits fonctionnant sous Windows 7 professionnel et logiciels libres ou sous License académique (cf: équipement).
Linux virtualisation sous Oracle Virtual Box.
FONCTIONNEMENT ET SERVICES
Les projets sont analysés par ordre chronologique de la demande. Chaque projet fait l'objet d'un dialogue avec les protagonistes afin de mieux comprendre l'intérêt scientifique de chaque projet.
Equipements
EQUIPEMENT
Ordinateur de bureau 64bits fonctionnant sous Windows 7 professionnel et logiciels libres ou sous License académique (cf: équipement).
Linux virtualisation sous Oracle Virtual Box.
OUTILS DE RECHERCHE (Logiciels libres ou payants)
- Logiciel R et packages spécifiques associés (pamr, proc, limma, FactoMiner, Random Forest ....etc)
- Microarray : environnement Mev sous java 64bit
- Networking : Cytoscape
- Enrichissement fonctionnel : Go-Elite, DAVID NIH (online)
- Gene set enrichment analysis : GSEA avec MiSig Db 4.0 et custum gene set à la demande
- CGHarray : filtration expérimentale sous IVG
- Next generation sequencing : short reads pipeline analysis : alignement Hg19 BWA, FastQC qualité des fastq, Samtools variant calling, Annotation de VCF (exome sequencing) analyse de mutations (filtration + annotation): RefSeq ou Ensembl VCF prédiction, annotation polymorphisme dbSNP, prédiction de sites de régulation, prédiction de dommage protéique, prédiction d'association GWAS a un phénotype pathologique.
VEP : « variant effect prediction » dans une machine virtualisée ubuntu64bit avec MAF : prediction 1000genomes.
- Découverte de « gene master class » par prédiction de cis regulation module dans une signature transcriptionnelle.
- Intégration miRnome et transcriptome après enrichisssement sur les cartes d'annotations KEGG